Žuvims augant, vystantis, jų kvėpa­vimo aparatas keičiasi. Daugumos žuvų lervutės ir ankstyvų stadijų mailius sa­vo trynio maišeliuose, krūtinės pele­kuose, galvoje, žiaunų dangteliuose, o kai kurių rūšių ir visame kūno pavir­šiuje turi daugybę kraujo indų, kurie deguonį gauna tiesiai iš vandens. Palaips­niui vystosi kvėpavimas žiaunomis. Krū­tinės pelekai turi svarbią reikšme per visą žuvų gyvenimą, nes padeda venti­liuoti kvėpavimo sistemą.

Tačiau ryklių krūtinės pelekai negali daryti kvėpavimo judesių. Rykliams, kaip ir kai ku­rioms kitoms greitoms žuvims, būdin­gas pasyvus kvėpavimas. Pavyzdžiui, kai ryklys Carcharios sp. plaukia greičiau, nei du metrus per sekundę, jo nasrai praverti ir vanduo, tekantis per juos, plauna žiaunų ertmę ir tuo būdu duoda deguonies.

Šis ryklys aktyviai kvėpuoja tik labai lėtai plaukdamas. Kiti stambūs greiti rykliai neišgyvena mažuose baseinuose, nes čia jie negali greitai plaukti, taigi ir tinkamai kvė­puoti. Jie greit apsnūsta ir žūsta uždusę.

Žuvų kvėpavimo sistemos labai įvairios. Pavyzdžiui, miksinų žiaunos su burna nesujungtos, nes šių parazituo­jančių žuvų burna skirta prisisiurbti prie kitos žuvies kūno. Į žiaunas van­duo patenka per nosį.

Žuvų žiaunos dirba tik vandenyje. Sausumoje iš jų vanduo išteka, žiaunos apdžiūna ir sulimpa. Silkės ir plačia­kakčiai tokiais atvejais žūsta beveik iš karto, ne ką ilgiau gyvena upėtakiai, lašišos, starkiai.

Karosų ir sazanų žiau­nų dangteliai tvirtai užsidaro, todėl šios žuvys šlapioje žolėje keletą valandų gali išbūti gyvos. Reikalas tas, kad jos naudoja palyginti nedaug deguonies, ir „išsijungus“ žiaunoms, jo gauna per odos paviršių. Kvėpavimas oda tam tik­ru laipsniu būdingas eršketinėms žu­vims, lydekoms. XIX amžiuje turtingiems pirkliams neretai atga­bendavo gyvų eršketų, nors tekdavo vežti bent keletą parų. Žuvims į burną įdėdavo konjake ar spirite sumirkytus vatos gabalėlius. Apgirtę žuvys apsnūs­davo ir kuo puikiausiai išlaikydavo il­gą kelionę. Gyvos sterlės carų stalą pasiekdavo po 3 – 5 parų kelionės – jas veždavo krepšiuose su drėgnomis samanomis.

Šaltyje be vandens ilgokai gyvybin­gos išbūna lydekos. Jeigu suvynioja­mos į standų popierių, kartais gali „atgyti” net po 3 valandų. Puikiai išvystytas ungurių kvėpavimas oda, to­dėl jie gali po keletą parų ištverti be vandens ir sėkmingai peršliaužti sausu­ma iš vieno vandens telkinio į kitą. Net ir mūsų karosai dėl aktyvaus kvė­pavimo oda po metus ir daugiau gali išgyventi įsirausę išdžiūvusių ežerų dugnan. Tai – gana dažnas reiškinys Šiaurės Kazahstane, kur yra daug benuotakinių ežerų, karštomis vasaromis visai išdžiūstančių.

Vijūnai taip pat turi papildomo kvė­pavimo sistemą – tai žarnynas. Įsiurb­damas orą, vijūnas jį varo i žarnas, kuriose yra labai daug kraujo indų, pa­imančių deguonį. Vijūnai irgi gali ilgai gyventi išdžiūvus vandens telkiniui, įsi­rausę per 30 – 40 centimetrų į dumb­lą.

Atmosferos orą tiesiogiai gali siurbti kai kurios mūsų žuvys – lynai, karo­sai, karpiai. Tada mes girdime savotiš­ką čepsėjimą, sklindanti iš vandens au­galų sąžalynų. Tačiau tai – priversti­nis kvėpavimo būdas, jis rodo, kad vandenyje deguonies balansas smarkiai pablogėjęs.

Bet kai kurioms atogrąžų žuvims kvėpavimas atmosferos oru – norma­lus dalykas. Pavyzdžiui, labirintinės žu­velės virš nosies turi specialią ertmę kurioje yra daugybė kraujo indų. Net ir tada, kai vandenyje pakanka deguo­nies, jos reguliariai kyla paviršiun įk­vėpti oro.

Iš visų žuvies organų bene įvairiau­sias funkcijas atlieka plaukiojamoji pūslė. Ji gali būti ir kvėpavimo ir klau­sos, ir garsų skleidimo organu, ir plaukiojimo reguliatoriumi. Kaip ro­do vystymosi istorija, ši pūslė atsira­do iš gleivingo žarnos apvalkalo. Pačioje pradžioje pūslė, atrodo, buvo tik kvėpavimo organu, mat hidrostatinė jos reikšmė atsirado tik vėlyvesnėse, kaulėtosiose žuvyse.

Kai kurioms rūšims, pavyzdžiui, atogrąžų šamukams Doros sp., plaukiojamoji pūslė ir šian­dien yra kaip plaučiai. Todėl šios žuvys nesunkiai keliauja sausuma, pasi­spirdamos uodegomis iš išdžiūvusių vandens telkinių į vande­ningus. Stambiausios gėlųjų vandenų žuvys arapalmos, gyvenančios Amazonės baseine, irgi kvėpuoja pūsle, labai panašia į sausumos žinduolių plaučius. Toji pūslė akyta, susideda iš dviejų dalių, teka arterinis ir venų kraujas.

Specialistai tvirtina, kad sausumos gyvūnai atsirado prie įšildomų vande­nų, kur trūko deguonies ir kur geresnėje padėtyje atsidūrė vandens gyvūnų formos, kurios galėjo kvėpuoti atmos­feros oru. Patys pirmieji tokio kvėpa­vimo organai buvo oda ir plaukiojamoji pūslė, iš kurios vėliau išsivystė plaučiai. Devono periode (prieš 320 – 400 milijonų metų) labai paplito dvejopai kvėpuojančios, taip pat riešapelekės žuvys. Vienų ir antrų galūnės jau buvo pritaikytos ne tik plaukioti, bet ir šliaužioti sausumoje. Tačiau tam, kad stuburiniams kaip reikiant pavyktų įsi­tvirtinti sausumoje, turėjo praeiti dar 200 milijonų metų.